โรงเรียนบ้านเหมืองแร่  เดิมเป็นสาขาของโรงเรียนบ้านห้วยไคร้ ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 17  เดือนพฤษภาคม  พ.ศ  2517 บนเนื้อที่ 16ไร่ 2 งาน 72 ตารางวา  เนื่องจากโรงเรียนบ้านห้วยไคร้ตั้งอยู่ห่างไกลจากหมู่บ้านเหมืองแร่การคมนาคมไม่สะดวก  การเดินทางของนักเรียนได้รับความลำบากมาก  นายสมจิตร  หมื่นถาวร  ซึ่งเป็นครูใหญ่โรงเรียนบ้านห้วยไคร้ในขณะนั้น  พร้อมด้วยราษฎร  บ้านเหมืองแร่  และผู้จัดการเหมืองแร่ในขณะนั้น  ได้ทำการบุกเบิกที่ดิน  1  ไร่เศษ  ซึ่งติดกับถนนในหมู่บ้าน  และสร้างอาคารเรียนชั่วคราวหนึ่งหลัง  มีนักเรียนมาเข้าเรียนจำนวน  18  คน   โดยมีนายบุญรัตน์  ชมไตร  ครูโรงเรียนบ้านห้วยไคร้มาทำการสอน

พ.ศ  2520  ได้รับอนุมัติให้เป็นโรงเรียนเอกเทศ  ตั้งชื่อโรงเรียนว่าโรงเรียนบ้านเหมืองแร่  เป็นโรงเรียนลำดับที่  ๖๗  ของอำเภอฝาง โดยมีนายแสงเพชร  กลั่นเรืองแสง  จากโรงเรียนบ้านหนองยาวมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่

   6  มิถุนายน  2528  ได้จัดห้องเรียนเคลื่อนที่ ที่บ้านปางปอย  จำนวน  2 ห้องเรียน  เพื่อแก้ปัญหาเด็กขาดโอกาสทางการศึกษา  และได้จัดสร้างอาคารพัสดุ  1หลัง มูลค่า  3,000  บาท

      2  ตุลาคม   2536  นายเฉลิม   นิลแก้ว   อาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ้านโป่งนก  ย้ายมาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ้านเหมืองแร่  แทนนายวิฑิต   ธีรวิทยานุกุล  ซึ่งย้ายไปดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ้านสันทราย

      16   พฤษภาคม  2537  โรงเรียนบ้านเหมืองแร่  ได้รับอนุมัติให้เปิดเรียนระดับมัธยมศึกษาตอนต้น  ในโครงการขยายโอกาสทางการศึกษามีนักเรียนชั้นมัธยมศึกษาปีที่  1  จำนวน  26  คน

     ปัจจุบันโรงเรียนบ้านเหมืองแร่  ได้จัดการศึกษาตั้งแต่ระดับชั้นอนุบาลจนถึง ระดับมัธยมศึกษาปีที่ 3  โดยมีเขตบริการครอบคลุมทั้งสิ้น 5 หมู่บ้าน  ได้แก่  บ้านเหมืองแร่  บ้านบุญศิริธรรม   บ้านใหม่ชานหลง  บ้านสันดอยนาค และ บ้านห้วยไคร้  โดยมี นายโสภณ  ธิพึง  ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านเหมืองแร่ คนปัจจุบัน